En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d'invasion extraterrestre, l'agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in black, n'a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. A la suite d'un crime étrange impliquant des extraterrestres, l'agence découvre l'existence d'un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l'apparence d'un top-model en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n'a plus aucun souvenir des MIB et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite.
Un film où l'humour est plus présent encore que dans Men in Black 1, avec toujours des aliens délirants et un New-York comme on l'aime. Un film pas prétentieux et un bon moment de détente où l'on ne s'ennuie pas.